يسعى البرنامج إلى التوصل إلى صيغة تحكم العلاقة بين المدنيين والعسكريين، تعيد تعريف دور المؤسسة العسكرية والأمنية في ظل دولة ديمقراطية حديثة، مع الأخذ في الاعتبار التركيبة العسكرية للقوات المسلحة ووضع الجيوش الموازية من الدعم السريع والحركات المسلحة، كما يسعى البرنامج إلى مناقشة كيفية إنهاء تدخل الجيش في السياسة والحياة المدنية والاقتصاد، والكيفية والطريقة التي يمكن عبرها الوصول إلى جيش قومي ومهني موحد وحل وإزالة كافة القوى المسلحة الموازية في السودان.

يهدف هذا البرنامج إلى معالجة قضايا التحول الرئيسية التي يواجهها السودان في انتقاله نحو الديمقراطية، حيث يكون من الضروري إعداد المواطنين والجهات السياسية والاجتماعية الفاعلة لمناقشة أسئلة التحول الرئيسية والإجابة عليها، تلك المتعلقة بالسلام والعدالة الانتقالية ،صياغة الدستور، الإصلاحات المحلية، نظام الحكم، المشاركة السياسية للنساء والشباب، الإصلاح الحزبي، إصلاح القطاع العام و الانتخابات.